안니발레 카라치는 볼로냐에서 태어나 당시의 관습을 따라 가족들의 일을 도우며 유년시절을 보냈다. 1582년, 안니발레와 그의 형인 아고스티노(Agostino Carracci), 그리고 사촌인 루도비코(Ludovico Carracci)와 함께 화실을 열었다. 화실의 이름은 Academy of Desiderosi로, Desiderosi란 명예와 배움을 향한 열망이란 뜻이다. ('새로운 길을 열다'라는 뜻으로 해석되기도 한다.) 그들이 기초적인 플로렌스 방식의 제도공의 기술에 많은 비중을 두고 있었는데, 거장 라파엘로와 안드레아 델 사르토가 그들의 좋은 모범이 되었다. 또한 그들의 스타일은 희미하게 빛나는 색과 물체의 테두리가 안개가 낀듯한 효과를 보이고 있어 베네치아의 여러 화가들의 관심을 끌게 되었다. 이러한 절충주의는 바로크 에밀리안이나 볼로냐 화파에 속했던 화가들의 고유한 특성이 되었다. 볼로냐에서의 그들이 제작한 초기작품에서는 각각의 사람들이 했던 개인적인 기여를 가려내는 것이 힘들다. 예를 들면 볼로냐의 파바 성(Palazzo Fava)의 벽에 그려진 이아손의 이야기를 묘사한 프레스코(1583-84년작)벽화에는 카라치라는 이름이 표시되어 있으며, 그 서명은 그들이 모두 이 작품의 완성에 기여했음을 보여주고 있는 것이다. 1585년, 안니발레는 볼로냐의 산 그레고리오(San Gregorio) 교회의 제단을 장식할 작품'Baptism of Christ(그리스도의 세례'를 완성한다. 그는 1587년에 산 로코 와 레지오 에밀리아 교회를 위해 '성모 승천(Assumption)'을 그렸다. 1587-1582년 동안 안니발레는 파르마과 베니스를 여행했다고 하며, 베니스에서 그의 형인 아고스티노와 합류하게 되었다. 1589년에서 1592년까지 안니발레 카라치와 그의 형, 그리고 사촌이었던 루도비코는 볼로냐의 마그나니 성(Palazzo Magnani)의 벽에 그려진 프레스코 'Founding of Rome(로마의 건국)'를 완성했다. 1592년, 그는 산 프란세스코의 보나소니 성당(Bonasoni chapel)을 위해 '성모 승천(Assumption)'을 그렸다. 1593년, 안니발레는 루치오 마사리와 공동작업으로 'Virgin on the throne with St. John and St. Catherine(왕관을 쓴 성모와 성 요한과 성 카테리나)'를 그리게 된다. 그가 작업한 'Resurrection of Christ(그리스도의 부활)' 역시 1593년에 완성되었으며, 이후 1594년까지 안니발레와 그의 형, 사촌은 함께 볼로냐의 팔라초 삼피에리(Palazzo Sampieri)의 프레스코 작업을 하게 된다.
